Mit den gleichen Aussenmassen wie die MasterBox Q300L wurde die Unterstützung für ein Standard-ATX-Motherboard bereitgestellt. Dies wurde ermöglicht durch Maximierung der Nutzung des internen Raums. Obwohl das Netzteil standardmässig oben/vorn am Gehäuse montiert ist, bietet die flexible Montagehalterung das Neupositionieren des Netzteils abhängig vom Formfaktor. Zum Beispiel, wenn ein Mini-ITX-Motherboard anstelle eines ATX-Mainboards eingebaut wird, kann das Netzteil in der üblichen Position (Rückseite unten) eingesetzt werden. Dies verbessert die Belüftungs- und Konfigurationsoptionen an der Vorderseite. Über die Q-Serie hinweg ist das bewegliche E/A-Panel auch im MasterBox Q500L enthalten.