Die Atom Matrix, die nur 24 x 24 mm gross ist, ist das kompakteste Entwicklungsboard der M5Stack-Entwicklungskit-Serie. Es bietet mehr GPIO-Pins und eignet sich hervorragend für die Entwicklung handlicher und miniaturisierter eingebetteter Geräte. Der Hauptcontroller verwendet den ESP32-PICO-D4-Chip, der mit Wi-Fi- und Bluetooth-Technologien integriert ist und über 4 MB integrierten SPI-Flash-Speicher verfügt. Das Atom-Board bietet eine Infrarot-LED sowie eine 5 x 5 RGB-LED-Matrix auf dem Panel, einen integrierten IMU-Sensor (MPU6886) und eine YH2.0-Schnittstelle. Unter der RGB-LED-Matrix befindet sich eine universell programmierbare Taste, die es den Benutzern ermöglicht, ihren verschiedenen Projekten Eingabemöglichkeiten hinzuzufügen. Die integrierte USB-Schnittstelle (Typ-C) ermöglicht ein schnelles Hochladen und Ausführen von Programmen. Auf der Rückseite befindet sich ein M2-Schraubenloch zur Montage des Boards.