Das Jahr ist 2029, und mechanisch augmentierte Menschen gelten nun als Ausgestossene, die ein Leben in vollständiger und totaler Segregation von der restlichen Gesellschaft führen. Adam Jensen, ein erfahrener verdeckter Ermittler, ist gezwungen, in einer Welt zu agieren, die seine Art verachtet. Ausgestattet mit einem neuen Arsenal an hochmodernen Waffen und Augmentierungen muss er den richtigen Ansatz wählen und entscheiden, wem er vertrauen kann, um eine umfassende weltweite Verschwörung aufzudecken.