Ich wärme mein Nackenkissen immer im Mikrowellen. Damit sich die Wärme besser verteilt, nehme ich das Kissen nach der halben Aufwärmzeit kurz heraus und knetet es gut durch. Danach gebe ich es für die restliche Zeit wieder in den Mikrowellen.
Während dem Gebrauch knetete ich das Kissen auch immer wieder durch so bleibt es länger und gleichmässiger Warm.

Ich erwärme meine Nackenkissen auch nur in der Mikrowelle, bei 800 Watt und 90 Sekunden. Allerdings muss man vorsichtig sein, dass es sich nicht überhitzt, das kann nämlich schlimmstenfalls Feuer fangen. Daher kann man das Kissen von aussen auch mit einer Wassersprühflasche ein wenig einsprühen. Vielleicht hilft das auch bei der Backofenmethode? Die Empfehlung der anderen Antwort hier, das Kissen nach der halben Aufwärmzeit kurz durchzukneten, klingt auch gut; das ist sicher auch hilfreich.