Der Unterschied zwischen der MX Ergo S und der MX Ergo liegt hauptsächlich in den leiseren Klicks und der verbesserten Schnellladefunktion über USB-C bei der MX Ergo S. Die Abmessungen sind tatsächlich gleich, was darauf hindeutet, dass die Bezeichnung «S» nicht auf eine kleinere Bauweise hinweist. Die MX Ergo S bietet ausserdem eine längere Akkulaufzeit und ist mit der Flow Technologie kompatibel, was eine nahtlose Zusammenarbeit zwischen Geräten ermöglicht.