Als Donatellos neueste Erfindung nicht ganz wie erhofft funktioniert, finden sich die Turtles plötzlich in einem alternativen New York City wieder: einem mit deutlich mehr Geistern und Geisterjägern. Doch viel Zeit für Verwunderung bleibt nicht, denn ein neuer Bösewicht aus der Vergangenheit der Turtles ist ihnen gefolgt und will nun die Stadt erobern. Keine Frage, dass es nun an unseren vier grünen Helden und den Ghostbusters liegt, genau das zu verhindern.