Ein uralter Feind der Menschheit kehrt zurück! In Kroatien werden Höhlenmalereien entdeckt, auf denen Menschen gegen riesige schattenhafte Kreaturen kämpfen. Doch bevor sich die Archäologen näher damit beschäftigen können, wird ihr Camp angegriffen. Zeitgleich wird eine Primaten-Forschungsstation in der Nähe von Atlanta überfallen. Die Suche nach den Zusammenhängen führt Commander Grayson Pierce von der Sigma Force 50.000 Jahre in die Vergangenheit und einmal rund um die Erde - bis zu einer uralten Stadt der Toten: dem Knochenlabyrinth.