Fälschlicherweise für die brutalen Morde an seinen Klassenkameraden durch den geheimnisvollen Roten Mann verurteilt, findet sich der Mittelschüler Ganta Igarashi zum Tode verurteilt und in den bizarren und tödlichen Freizeitpark/Gefängnis wieder, der aus den Ruinen des grossen Erdbebens von Tokio entstanden ist – ein Höllenort auf Erden, bekannt als "Deadman Wonderland".

Trotz des Verlusts ihres Anführers gelingt es Scar Chain, die Undertakers zu besiegen und zu entkommen, doch Ganta und Shiro bleiben, um weiter zu kämpfen. Tamaki, der wahnsinnige Mastermind von Deadman Wonderland, initiiert seinen nächsten Plan – die Entwicklung und den Einsatz der Ninben, künstlich geschaffene Deadmen, und Gantas Freundin Azami ist eines seiner ersten Testobjekte.