Mengen von Sauerstoff und Kohlensäure feststellte. Das führte Ludwig (zit. bei Lusk) zur irrigen Annahme, dass die Oxydationen im Blute stattfanden. Seit Eduard Pflüger wissen wir, dass der Sitz der Verbrennungen die lebende Zelle ist. Der nächste Schritt war die Feststellung des Materials, das verbrennt. Es sind nicht Kohlenstoff und Wasserstoff, wie ursprünglich angenommen wurde, sondern wie Liebig zuerst vermutete und Magendie experimentell bewies, Eiweiss, Kohlenhydrate und Fette der Nahrung. Die ursprüngliche Annahme von Liebig, dass das Eiweiss aus dem arbeitenden Muskel stamme, liess sich nicht mehr aufrechterhalten. Mit dieser Feststellung war die zweite entscheidende Grundlage für eine Stoffwechselorschung geschaffen. Sie zerfiel nunmehr in zwei Aufgaben, die Untersuchung des respiratorischen Stoffwechsels und das stofflich orientierte Studium der intermediären Umsetzungen im Körper.