Im Serienauftakt "The Testing" wurde die sechzehnjährige Cia Vale von der Regierung des Vereinigten Commonwealth als eine der besten und klügsten Absolventen aller Kolonien ausgewählt, eine vielversprechende Führungspersönlichkeit im Bestreben, die Nachkriegsgesellschaft zu revitalisieren. In "Independent Study" ist Cia eine Erstsemesterstudentin an der Universität in Tosu City, zusammen mit ihrem Jugendfreund Tomas. Obwohl die Regierung versucht hat, ihre Erinnerungen an die brutalen Schrecken von "The Testing" zu löschen, erinnert sich Cia. Ihre Versuche, die hässliche Wahrheit hinter den mörderischen Programmen der Regierung ans Licht zu bringen, bringen sie und ihre Liebsten in grosse Gefahr. Doch die Zukunft des Commonwealth hängt von ihr ab.