Bei seinem langen Rückzug aus Philadelphia erreicht das Erste Bataillon unter Lt. Colonel Lee die geheime Regierungsanlage auf Mount Weather. Sofort lässt Lee das Fort rund um das Operationszentrum absichern, doch dann erfährt er von einem Ausbruch der Seuche in den darunter befindlichen Bunkeranlagen, in denen sich die US-Regierung verschanzt hat. Die Präsidentin selbst wurde infiziert. Während ausserhalb des Komplexes Tausende der infizierten Klowns den Zufluchtsort belagern, dringen Sergeant Muldoon, Corporal Rawlings und ein Platoon der Lightfighters in die unterirdischen Tunnelgänge der Anlage vor. Ihre Mission lautet, die Präsidentin der Vereinigten Staaten zu töten.