In den PHOENIX-Arbeitsheften werden für jeden Themenbereich verschiedene Einstiegsmöglichkeiten in einem einführenden Abschnitt angeboten: themenorientiert, faktenbasiert, problemorientiert und interaktionsfördernd. Jeder Themenbereich enthält unterschiedliche Entwicklungsschwerpunkte (Waben). Je nach individuellen Interessen, Vereinbarungen im Kurs und den Richtlinien kann eine oder mehrere Waben ausgewählt werden. Zwischen den Waben gibt es thematische Verweise und sich gegenseitig fortsetzende Vernetzungsangebote, die eine Vielzahl individueller Kurssequenzen ermöglichen. In allen Wabenkapiteln wird der Aspekt des pädagogischen Handelns besonders in einem Abschnitt mit dem Titel "Pädagogische Anwendung" hervorgehoben. Darüber hinaus werden handlungsorientierte Arbeitsansätze in Projektvorschlägen aufgezeigt. In den nachfolgenden Kapiteln "Reflexionen" und "Perspektiven" werden aktuelle Themen diskutiert.