Die Mastzelle mit ihren 500-1000 metachromatischen Granula im Zytoplasma kommt praktisch in allen Bindegewebsstrukturen des Körpers vor. Sie ist bevorzugt entlang der Blut- und Lymphgefässe, vor allem im Bereich der terminalen Strombahn im lockeren Bindegewebe lokalisiert. In den parenchymatösen Organen, die nur wenig Bindegewebe enthalten, wie zum Beispiel der Leber, Niere und im Herzmuskel, finden sich die Mastzellen im Bereich der Adventitia der Gefässe und im regionalen Bindegewebe. Die Anzahl in diesen parenchymatösen Organen ist damit relativ gering. Die grosse Anzahl der Mastzellen wird in den serösen Häuten, wie Pleura, Perikard, Peritoneum sowie in den Meningen gefunden, ferner im Corium der Haut und hier besonders an den Akren. Nahezu 100% des hohen Gewebshistaminspiegels sind in diesen Zellen deponiert. Die Gewebsmastzellen zeigen gegenüber dem Blut.