"Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics" ist ein umfassendes Fachbuch, das sich mit der Theorie und Praxis der Analyse von Rohdaten aus der Massenspektrometrie im Bereich der Proteomik beschäftigt. Angesichts der hohen Durchsatzkapazität der Massenspektrometrie-Technik ist es für Forschende in der Proteomik unerlässlich, sich intensiv mit der Datenanalyse auseinanderzusetzen. Dieses Buch bietet eine detaillierte Übersicht über verfügbare bioinformatische Programme, Algorithmen und Datenbanken, die für die Analyse von Massenspektrometrie-Daten genutzt werden können. Es werden allgemeine Richtlinien für die Datenanalyse unter Verwendung von Suchmaschinen wie Mascot, Xtandem und VEMS bereitgestellt, wobei ein besonderes Augenmerk auf die Identifizierung von Daten von geringer Qualität und die Optimierung von Suchparametern gelegt wird. Darüber hinaus werden verschiedene Typen von Massenspektrometrie-Daten behandelt und optimale Methoden zur Umwandlung von Rohdaten in Peak-Listen beschrieben, die für die Eingabe in Suchmaschinen geeignet sind. Die Auswahl der genauesten und vollständigsten Datenbanken wird hervorgehoben, und es wird ein Bericht über verfügbare Sequenzdatenbanken bereitgestellt. Das Buch beschreibt auch öffentlich zugängliche Anwendungen, wann immer dies möglich ist.