Tief im Schatten unter der Pariser Oper lebt Erik, das Phantom, das geheimnisvoll durch die Jahrzehnte hindurch als der Mastermind einer seltsamen und geheimen Agentur besteht. Eine rotierende Tür von weiblichen Agenten wird von wohlhabenden Parisern und der französischen Regierung beauftragt, Verbrechen und Vergehen zu untersuchen, die sie lieber aus der Öffentlichkeit heraushalten würden. Die toxische Unterwelt von Paris wird von Eriks hartnäckigen weiblichen Agenten ans Licht gebracht, während sie sich dem Horror und der Korruption in der Stadt stellen. Doch es ist ein schrecklicher Mord während der grossen Flut von Paris im Jahr 1910, der Irene Adler, Kate Reed und andere zu einer letzten, tödlichen Konfrontation zusammenführt.