Werner Freitag wurde 1955 geboren. Er studierte Geschichte in Bielefeld und Wirtschaftswissenschaften in Hagen und schloss 1985 sein Diplom in Hagen und 1986 seine Masterprüfung in Bielefeld ab. Von 1986 bis 1988 war er Stadtarchivar in Spenge. 1989 promovierte er in Bielefeld und arbeitete bis März 1997 als (oberer) Assistent im Bereich der frühneuzeitlichen Geschichte. 1995 habilitierte er sich und wurde im Dezember 1996 auf die Professur für die Regionalgeschichte von Sachsen-Anhalt am Institut für Geschichte der Martin-Luther-Universität Halle berufen. Seit 2004 ist er Professor für westfälische und vergleichende Regionalgeschichte in Münster sowie Geschäftsführer des Instituts für vergleichende Stadtgeschichte. Werner Freitag ist der zweite Vorsitzende der Historischen Kommission für Westfalen und Mitglied der Historischen Kommission für Sachsen-Anhalt, der Volkskundekommission für Westfalen und des Ausschusses der Arbeitsgemeinschaft für Regionalgeschichte im Verband der Historiker und Historikerinnen Deutschlands (VHD).