Das Jahrbuch Wissenschaftsfreiheit thematisiert in erster Linie Herausforderungen und Bedrohungen, die die Wissenschaftsfreiheit betreffen. Darin erschöpft sich die Zielsetzung des Jahrbuchs jedoch nicht. Es möchte der leider auch im wissenschaftlichen Bereich verbreiteten Cancel Culture entgegenwirken, indem es Beiträgen und Thesen Raum lässt, die nicht wegen ihrer inhaltlichen Qualität, sondern wegen ihrer Thematik oder wegen ihrer Aussagen Schwierigkeiten haben, veröffentlicht zu werden. Dazu zählen so unterschiedliche Themenfelder wie der Islam (insbesondere das Kopftuch), die Energiepolitik, Gender, Diskriminierung oder Rassismus. Sie alle eint, dass aus Furcht vor Angriffen viele Verlage die Themen meiden oder zumindest darauf achten, dass bestimmte Thesen entschärft werden. Der Herausgeber sieht darin ein gravierendes Problem für die Wissenschaftsfreiheit, aber auch für die Wissenschaft insgesamt. Das Jahrbuch soll so eine freie Debatte über die Themen fördern.